W formie książkowej wyszła rok później, w 25. rocznicę wybuchu powstania styczniowego. Powieść opisuje konflikt pokoleniowy – starszych i młodszych bohaterów oraz społeczny – dworu i zubożałej szlachty. Wstępnie książka Orzeszkowej miała nosić tytuł „Mezalians” i opowiadać o miłości młodej szlachcianki do zubożałego przedstawiciela tej klasy. Mezalians to małżeństwo osób, których dzieli pochodzenie i majątek. W przypadku powieści Orzeszkowej to nie do końca prawda. Justyna Orzelska jest młodą szlachcianką, ale bez majątku, zupełnie jak jej ukochany Jan Bohatyrowicz. Bieda zmusiła jego rodzinę do pracy na roli. Justyna ma szansę bogato wyjść za mąż, ale odrzuca ofertę pana Różyca. Orzeszkowa napisała „Nad Niemnem” już po sukcesie „Ogniem i mieczem” Henryka Sienkiewicza. Wiadomo, że nie zgadzała się z sienkiewiczowską formułą „pokrzepiania serc” przez przeniesienie akcji do dawnych wieków, w czasy tryumfu i siły polskiego oręża. Orzeszkowa też chciała „pokrzepiać”, ale bez zasłony historii, pisać o współczesności, w tym problemach na ziemiach polskich po powstaniu styczniowym, by znaleźć program naprawy społecznej. To jedno z głównych haseł pozytywizmu, prądu literackiego w drugiej połowie XIX wieku. Powieść podejmowała temat powstania i opisywała rzeczywistość po przegranym zrywie wolnościowym – między innymi problem zachowania tożsamości narodowej. Orzeszkowa dobrze znała rzeczywistość powstańczą. Jako młoda kobieta pomagała powstańcom, ukrywała Romualda Traugutta w Ludwinowie, posiadłości gdzie mieszkała razem z mężem. Latem 1863 roku przewiozła dyktatora powstania swoją karetą z do granicy z Królestwem Polskim. Potem obserwowała represje, jakich doświadczyła szlachta i powstańcy.